Q. 이번 부가세법 시행령개정으로 인하여 건물의 철거가 예정되는 경우에 한하여 건물과 토지가액과의 안분비율이 30%이상 차이나도 기준시가로 안분하지 않아도 되는 예외규정을 두는 것으로 알고 있습니다. 즉, 철거가 예정되는 경우에는 토지와건물일괄양도시 건물가액을 "0"으로 해도 부가세법상으로는 인정받을수 있는것으로 확인됩니다. 이 규정에도 불구하고, 소득세법 제100조[양도차익의 산정] 제3항은 토지와 건물가액을 안분한 가액이 기준시가로 안분한 가액과 차이가 30% 이상 나는 경우에는 소득세법에 따라서 불분명한 경우로 보아 기준시가로 안분해야 하는지 궁금합니다. 

A. 질문과 관련된 규정은 소득세법 제100조 제3항과 제3항,소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 제29조 제9항, 부가가치세법 시행령 제64조로서 그 내용은 다음과 같습니다.

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부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】(개정안)

① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. (2019. 2. 12. 개정)

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. (2019. 2. 12. 개정)

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. (2013. 6. 28. 개정)

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (2013. 6. 28. 개정)

② 법 제29조 제9항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 법령에서 정한 토지 또는 건물등의 양도가액에 따라 실지거래가액을 구분한 경우

2. 건물등이 있는 토지를 취득하여 그 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

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소득세법 제100조 제2항은 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산한다고 규정하고 있을 뿐 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다"는 규정은 두고 있지 않습니다. 

따라서 규정으로만 보면, 철거예정 건물의 공급가액을 0으로 적어서 세금계산서를 발급하면 부가가치세법에서는 적법한 것으로 인정해도 양도소득세에서는 이를 인정하지 않고 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산해야 할 것으로 보입니다. 

부가가치세법상 적법한 것으로 인정되면 소득세에서도 적법한 것으로 인정되는 것이 합리적이므로 규정의 보완이 필요한 것으로 보입니다.